Il nome Castignano sembra derivare dal bosco di castagni (Lucus castineanus) esistente nella zona e del quale parla anche lo scrittore Plinio. Altri invece, sostengono che il toponimo derivi dal Console Romano Castino che soggiornò nel paese al termine della guerra sociale sostenuta dai Piceni e loro alleati contro Roma.

Attorno all’anno 1000 il paese era di notevoli dimensioni, ma franò più volte in diverse zone come testimoniano le alte rupi visibili nella parte orientale del paese. Nel secolo XI Castignano entrò a far parte del presidiato Farfense e più tardi, passò sotto l’autorità del vescovo di Ascoli. Il dominio di Ascoli non fu mai accettato e in parecchie occasioni il paese tentò di riacquistare l’autonomia.

Nel 1364 Baldilisco di Ciccio a capo dei Castignanesi riuscì a entrare in Ascoli e saccheggiarla, tuttavia Castignano continuò a restare sotto il dominio ascolano e a offrire il palio in occasione della festa di S. Emidio. Il paese subì, tra il 1369 e il 1380 una breve ma dura tirannia di Boffo da Massa. Attorno al 1400 Castignano passò sotto l’autorità della Corte Romana poi ancora sotto Ascoli.

Attorno al 1585 Sisto V lo pose sotto la giurisdizione del Vescovo di Montalto Marche. In questo periodo i Castignanesi ottennero dal papa molti privilegi e nel 1590 compilarono il Nuovo Statutio. Nel 1860 fu uno dei primi paesi della provincia a innalzare il vessillo nazionale e i suoi abitanti, insieme con quelli di Offida, si recarono a Montalto per tentare di cancellare monumenti e ricordi del dominio pontificio.